有机肥和化肥混合使用，相得益彰，但配伍不合理,则会两败俱伤，造成损伤。
　　一、有机肥和化肥混施的好处
　　1、取长补短，培肥地力。化肥的养分单一，含量高，肥效快，但持续时间短；有机肥养分齐全，肥效持久，可改良土壤，培肥地力。二者混用,可取长补短，全面供给作物生长所需养分，促进作物健壮生长，提高增产效益。
　　2、保蓄养分,减少流失。化肥溶解快，溶解度大，施入土壤后，土壤溶液浓度一时会很快增高，造成作物较高的渗透压，影响作物对养分和水分的吸收，增加了养分的流失和机会。有机肥和化肥混合使用，可以克服土壤溶液陡然增高的弊病，同时，有机肥可以改善作物对养分的吸收条件，提高土壤蓄水保肥能力，防止和减少化肥养分的流失，提高化肥利用率。
　　3、减少养分固定,提高肥效。化肥施入土壤后，有些养分会被土壤吸收,鳌合或固定国，降低肥效。如过磷酸钙和钙镁磷肥直接施入土壤，容易同土壤中的铁、铝、钙等元素结合，生成难溶性的磷酸物而被固定，造成有效养分损失。若与有机肥混合施用，不仅可减少与土壤接触面，减少土壤与化肥的固定机会，而且可使磷肥中那些难溶性的磷转化成作物能利用的有效磷，提高磷肥的肥效。
　　4、改善土壤结构，促进持续增产。长期单施化肥会被破坏土壤的团粒结构，造成土壤粘重板结，降低耕作性能和供肥性能。有机肥含有丰富的有机质，可活化疏松土壤，降低容量；可改善土壤的水、肥、气、热等理化性状；调节酸碱度。二者混用,既可提高产量，又可促进农业的可持续性发展。
　　5、促进微生物活动，增加土壤养分。有机肥是微生物生活的能源，化肥是微生物生长的无机营养，二者混用促进微生物活动，进而促进有机肥的分解，产生大量二氧化碳和有机酸，有助于土壤中难溶性养分溶解，供给作物吸收。二氧化碳能增加作物的碳素营养，提高光合效率。微生物生命短暂，死亡后即分解释放出养分，供作物吸收利用。
　　二、适宜混施的有机肥和化肥
　　1、厩肥、堆肥与过磷酸钙或钙镁磷肥混施。过磷酸钙和钙镁磷肥与厩肥、堆肥、沤肥、混合堆沤后施用，不但减少磷肥与土壤的接触面，避免磷酸根离子被土壤固定，而且有机肥料分解生成的各种有机酸，能促使被土壤固定的磷素释放出来，供作物吸收，肥效可提高三分之一。
　　2、厩肥、堆肥与碳铵和尿素混施。在厩肥、堆肥中加入0.5～1%的碳铵（或酸）和人粪尿，有利于微生物繁殖和活动，促进有机肥的腐熟和各种养分释放，为作物提供丰富的营养元素。
　　3、人粪尿与过磷酸钙或钙镁磷肥混施。腐熟的人粪尿中碳酸铵含量过多，单施容易挥发损失，与过磷酸钙或钙镁磷肥混施，经过化学反应可形成性质稳定的磷酸二氢铵，既减少了人粪尿素中氮素损失，又增加了磷素营养。以磷保氮，肥效大增。
　　4、人粪尿与硫酸亚铁混施。在人粪尿中加入0.5%的硫酸亚铁，可使人粪尿中极易挥发的碳酸铵转化成性质稳定的硫酸铵，起到保肥除臭，防止氮素挥发流失的作用。
　　三、不宜混施的农家肥和化肥
　　1、未腐熟的农家肥不能与硝态氮肥混施。若混施,农家肥中的反硝化细菌会使硝态氮肥发生反硝化作用，生成亚硝酸盐，引起氮素损失，降低作物品质。
　　2、草木灰不能与氮素化肥混施。草木灰是碱性肥料，若与氨态氮、硝态氮等酸性氮素化肥混施，则会发生中和分解反应，释放出氨气挥发，造成氮素损失，降低肥效。
　　3、草木灰不能与过磷酸钙混施。草木灰含钙较多,若与过磷酸钙混合，会生成不溶性的磷酸钙,使磷素被固定,作物不能直接吸收利用。
　　4、草木灰不能与厩肥、堆肥、人粪尿混施。草木灰一般被当作钾肥施用，呈碱性，若与厩肥、堆肥、人粪尿混合，会加速氮素以氨气形式挥发损失。