第三次全国农业普查共设6张普查登记表，包括农户普查表、规模农业经营户普查表、农业经营单位普查表、行政村普查表、乡镇普查表和农作物面积遥感测量实地调查表。
　　（一）农户普查表，用于登记农业经营户、居住在农村且有确权（承包）土地的住户。登记原则是在乡镇的普查区范围内居住，以居住地为原则登记；不在乡镇的普查区范围内居住，但在普查区内从事农业经营活动，以生产地为原则登记。
　　（二）规模农业经营户普查表，用于登记符合规模农业经营户标准的住户。登记原则与农户普查表相同。
　　（三）农业经营单位普查表，用于农业经营单位的登记。以在地原则登记，地域范围为县域。在县域范围内的农业法人单位以及所属的全部农业产业活动单位作为一个对象在普查区登记；如果其所属的农业产业活动单位在本县域范围之外，则在该产业活动单位经营所在地的普查区登记。
　　（四）行政村普查表，用于登记所有的村民委员会，以及有农业经营活动的居民委员会和具有村级行政管理职能的管理机构。由普查区农业普查工作组收集相关信息直接填报。
　　（五）乡镇普查表，用于登记所有的乡、镇人民政府，以及有农业经营活动的街道办事处和具有乡镇政府职能的管理机构。由乡镇农业普查办公室收集相关信息直接填报。
　　（六）农作物面积遥感测量实地调查表，用于对农作物遥感影像的实地核实和调查。